刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）现身泰国曼谷，在当地获得重要情报：九指强与泰国倪坤进行毒品交易。追查之后发现吉运帮黑吃黑将倪坤杀死与九指强进行交易。为寻找吉运帮犯罪证据卓凯与卧底潜入社团窝点后被Pak Key得力手下乐少锋（周柏豪 饰）发现行动，和他们交起手来。逃脱之后卓凯一行人准备离开泰国返回香港时发生一场大爆炸，除了卓凯之外的所有卧底葬身火海。伤心欲绝的卓凯返回香港后面临停职，变得一蹶不振。与此同时香港最大的社团长兴发生内斗，长兴新继任的龙头魏德信（陈豪 饰）以雷厉风行手段剿灭社团的高级头目，其中包括覃欢喜（许绍雄 饰）。然而覃欢喜是长期潜伏在长兴的卧底，面临此番处境，他曾想过向Handler求助调回警察队伍，但妻子突然出事惨死在社团人士手中，令覃欢喜彻底沦入黑道。

CIB总督察卓凯的好兄弟离奇死亡，卓凯在调查案件中竟发现好兄弟负责的五名卧底全部失去联络。卓凯成功接触其中一名失踪卧底丁小嘉。丁小嘉毅然答应混入黑帮之中，助卓凯寻找其他失踪卧底。丁小嘉在帮会中认识双花红棍薛家强，丁小嘉为了从中得到情报，千方百计接近薛家强，二人发展出一段建立在谎言，疑幻似真的感情。

卧底阿钉（佘诗曼 饰）收到了一条神秘短信，追溯到神秘人郭铭的犯罪集团，其手下两名重臣少爷（古天乐 饰）和阿蓝（张家辉 饰）很可能是之前警队失联的卧底。而在捣灭犯罪集团的过程中，其中一人暴露身份也使这对情同手足的好兄弟陷入信任和生命危机。而卧底联络人Q Sir（吴镇宇 饰）和卧底阿钉也面多重危难。在迷雾中，一场激战蓄势待发……

童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。

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《使徒行者2》由企鹅影业联手TVB打造，苗侨伟、许绍雄、陈豪、宣萱、袁伟豪、周柏豪、黄翠如等TVB豪华阵容主演，剧情上是使徒行者的前传。使徒行者第一部的大结局画面中，黑帮大反派“欢喜哥”，乍现在卧底警员档案中，却被戴手套的神秘人删去，留下谜一样的身世背景，这位删除档案的神秘人会是警队中的变节的“黑警”吗？结局前一反常态的卓sir会是第六个卧底吗？这一连串悬念终于要在第二部中揭晓。

传奇卧底爆seed归来，发现世界天翻地覆！昔日如师如友的搭档卓凯疑似变节，空降上司韦作荣作风强硬。敌友难分，关系错综，一场关乎每个人安危的对决，正愈演愈烈！

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