工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。 知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的。

1997-2015《计时引爆摩天楼》、《第十四个目标》、《世纪末的魔术师》、《瞳孔中的暗杀者》、《通往天国的倒计时》、《贝克街的亡灵》、《迷宫的十字路口》、《银翼的魔术师》、《水平线上的阴谋》、《侦探们的镇魂歌》、《蔚蓝色的灵柩》、《战栗的乐谱》、《漆黑的追踪者》、《天空的遇难船》、《沉默的15分钟》、《第11个前锋》、《绝海的侦探》、《异次元的狙击手》、《业火的向日葵》

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场陷入一片火海之中。江户川柯南根据线索一步步地查明了几起案件的联系，并在最后找出了案件背后的真凶。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

《名侦探柯南：零的日常》改编自同名漫画，该故事的主人公是安室透，29岁，是一个混血儿，有着一头显眼的金发，以及小麦色的皮肤。安室透在白罗咖啡厅工作，而白罗咖啡厅的楼上是名侦探毛利小五郎的侦探事务所，安室透拜了毛利小五郎为师，成了一名私家侦探。然而，他的真实身份是潜入黑暗组织的公安警察，本名叫降谷零，他在黑暗组织中的代号为波本。拥有公安、侦探、黑暗组织成员三重面孔的安室透，擅长搜集情报，有着极强的观察力与推理能力，而且身手非常敏捷。他曾伪装成赤井来观察赤井秀一是否死亡，后来又对江户川柯南的身份产生了兴趣。这样一个有着复杂身份的安室透，也有着普通人的日常生活，本部动画将为大家揭晓安室透不为人知的日常。

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

目暮警官、毛利兰的母亲妃英理以及阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。江户川柯南开始追踪伤害了阿笠博士的犯人，他根据几起案件现场留下的线索，发现犯人是按照扑克牌的顺序来行凶的，而且遇害者都是与名侦探毛利小五郎有关的人。目暮警官提供的线索初步揭开了事情的真相，原来毛利小五郎当年任职警察的时候，曾经逮捕了犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也因为这一事件导致毛利小五郎离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱了，他开始按照扑克牌的顺序向毛利小五郎身边的人展开报复。在得知了事情的原委后，毛利小五郎努力寻找身边有什么人与数字有关。在这一过程中，各种惊险的场面接连出现。然而江户川柯南也开始对案件的真相产生了疑惑……

在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。 另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙，小五郎一行人展开了调查。

阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！经过一番努力，毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语，成功拯救了无数人的生命。在此之后，警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人，嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人，他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来！

风和日丽的一天，铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，江户川柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方非常胆大，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经茱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入了低谷。这一次他以神秘狙击手的身份出现，显然是想向那些毁灭了他人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入了莫大的恐慌之中。

著名的高中生侦探工藤新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授的请帖，森谷教授打算在自己的宅邸中举办一场晚会，他邀请工藤新一前来赴宴。江户川柯南、毛利兰和毛利小五郎代替新一应邀出席。与此同时，城市内发生了塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称犯人的男子打来预告电话，与江户川柯南展开了博弈。犯人再次打来电话，并说到：“工藤为什么没来！”随后，凶手连续发来炸弹预告。炸弹究竟被安装在了什么地方？城市内的人们陷入了恐慌。就在江户川柯南绞尽脑汁查找炸弹所在之处时，毛利兰前去百货商店购买要送给工藤新一的礼物。万万没想到，那栋百货商店内就被安装了炸弹！江户川柯南奋力前去救毛利兰，在炸弹即将爆炸之际，负责剪炸弹线的毛利兰选择剪蓝色的线，成功阻止了炸弹爆炸。

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中对案件展开调查。

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看就要被拆穿了，巨大的危险正向柯南和他身边的人急速袭来！意识到事情危险性的江户川柯南独自展开了调查……

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问铃木次郎吉一骑绝尘，以三亿美元的天价将画作收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木次郎吉宣布他已联系世界各地的向日葵收藏家，让他们同意将分散在世界各地的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎、展览企划负责人圭子•安德森、画作鉴定师宫台夏美等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德从一开始便锁定了该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁了运送专机。 随着画展日期的临近，江户川柯南与伙伴们必须尽快越过一座座难以想象的险峰，找出在暗地里策划阴谋的犯人。

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是万万没想到，在音乐会正式举办之前，陆续发生了许多可疑的案件，让每个人都忧心忡忡。而且，在音乐会正式开演当天，江户川柯南他们所在的音乐会会场突然发生了很大的爆炸，整个会场陷入一片火海之中。江户川柯南根据线索一步步地查明了几起案件的联系，并在最后找出了案件背后的真凶。

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很大的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开谜题。

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，江户川柯南等人认定这次的事件与8年前朝仓优一郎主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段不愿搬迁。为了探明事情的真相，柯南、灰原、少年侦探团以及毛利小五郎等人开车前往白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾、远野、立原等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。立原的儿子冬马在8年前坠崖，在这8年时间里他一直昏迷不醒。在母亲的照料下冬马终于醒了过来，但却丧失了记忆，不知道当时在自己身上发生了什么事情。柯南通过推理，认为冬马的坠崖与一系列的案件有关。

某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时，一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动呢？

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

《名侦探柯南：犯人犯泽先生》改编自同名漫画。该动画的主人公犯人犯泽先生身穿紧身服、全身漆黑。为了收拾某个人，他拼命打工赚钱，攒够钱后，他告别母亲，独自离开老家岛根县的出云，来到犯罪率极高的米花町准备复仇。外表凶悍的犯泽先生其实是个老实人，没有任何的犯罪经验，而且还非常胆小。从乡下来到大都市的他本以为能顺顺利利地展开计划，但现实并不美好，他面临租房、工作、人际关系等问题。在一次次的遭遇挫折后，他没有灰心丧气，仍不畏艰难地一步步解决生活中出现的问题，并最终在米花町租到了合适的房子，结交了新的朋友，还找到了满意的工作，让生活步上了正轨。然而，他却始终找不到自己要找的人。犯泽先生最终是否能顺利完成自己的计划呢？