六名青少年忍者共同守卫他们的家园——忍者岛。夜晚，他们会化身为忍术高强的勇士，驾驶着炫酷的座驾，对抗各种反派、怪兽，白天，他们则不过是一个个忍受着高中生活折磨的中学生。教导这群少年成为忍者的人，是一位名叫吴大师（成龙配音）的东方武者。然而，这里有一个很大的矛盾——大反派伽玛当（贾斯汀·塞洛克斯配音）与忍者之一的劳埃德（戴夫·弗兰科配音）是一对父子。有一天，他们所居住的地方来了一个更大的敌人——喵怪兽，他体型巨大，轻易就能推倒一幢建筑物，于是父子站到了一边，联手对抗这个敌人。

繁华时尚的忍者岛，乐高小人们过着快乐无忧的日子，除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都的入侵骚扰外。当然，幸亏有英勇无畏的幻影忍者，他们一次次挺身而出，与魔王大战，才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德是加满都的亲生儿子，不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后，加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻，劳埃德启动了吴大师禁止使用的终极武器，最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。为了拯救忍者岛，幻影忍者们跋山涉水，甚至与加满都展开了合作…