明末清初,山河离乱。落魄书生宁采臣（赵雷 饰）遍寻旅店不得,不顾他人劝阻落脚闹鬼的金华古寺。宁与古寺中的方外侠客燕赤霞（杨志卿 饰）相谈甚欢,后夜逢女鬼聂小倩（乐蒂 饰）。小倩以美色诱人,中计者无不被她的主人千年树精姥姥（唐若菁 饰）吸血而死。小倩本欲加害采臣,但为其忠厚耿直感动,不忍下手,两人渐生感情。姥姥得知此事,势要除此二人。不得已,宁采臣求助燕赤霞,一场人鬼大战就此展开……

燕赤霞（古天乐 饰）年轻时爱上了小倩（刘亦菲 饰），但出于猎妖师的责任，他只能忍痛割爱。他没有杀小倩，而是使之失忆。他和夏雪风雷（樊少皇 饰）联手对付黑山老妖（惠英红 饰），后者牺牲了左臂封住了老妖。某日，宁采臣（余少群 饰）被派到黑山村来帮村民寻找水源。村长（徐锦江 饰）等人明知山上有妖，却没有对他道出实情。在村民铁牙（李菁 饰）的陪同下，宁采臣带着一群死囚上山找水。当他们来到兰若寺，竟然发现了水源。而他也第一次遇到了小倩。两人一见钟情。此事被黑山老妖得知，严刑拷问。燕赤霞屡次劝阻宁采臣不要陷入人妖之恋，奈何后者与小倩情深意重，明知是妖，却屡屡犯险，毫无退意。燕赤霞感到纠结，而此时黑山老妖已经开始了她的复仇……

书生宁采臣收账不成，无处可归，遂夜宿鬼寺兰若寺，遇上侠士燕赤霞，二人成为邻居。一日偶遇艳女小倩，二人两情相悦，但小倩乃是被树妖姥姥控制的鬼魂，专门迷惑精壮男子代姥姥吸取阳气。

《倩女幽魂》这一由《聊斋志异》改变的经典故事对大家来说都耳熟能详，本片对《倩女幽魂》1960年李翰祥版、1987年程小东版，和2011年叶伟信版这三个版本故事中的爱情纠葛、正邪较量、以及鬼魂文化的不同解读和演绎手法进行了分析。

宁采臣与燕赤霞安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙，得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩一模一样

小和尚十方（梁朝伟饰）随师父白云（刘洵饰）护送金佛去五台山。路上偶遇痞子道士燕赤霞（张学友饰）杀死强盗无数，三人结下梁子。十方与师父夜宿鬼寺兰若寺。师父外出打探时，十方遭遇女鬼小卓（王祖贤饰）。十方不受其诱惑，二人争斗，十方念咒将其制服，但仍好心将其放走。十方将金佛不慎丢失，找到后已破成两段，树妖姥姥趁机发难，白云被活捉。 十方在小卓帮助下逃出，外出求人修补金佛却不幸被骗。幸得再遇小道士燕亦霞，得其相助。小卓死敌小蝶（利智饰）出击勾引二人不成，恼怒之际识破小卓与十方的计划，引姥姥到三人藏匿之处。十方在小卓再次帮助下逃出，并救得师父，小卓却被姥姥抓回折磨。十方与燕赤霞掘出小卓骨灰逃出兰若寺，但姥姥已布下天罗地网，众人危在旦夕，最后关头，十方化成佛祖金身，对付树妖......

书生宁采臣赴京赶考，夜宿兰若寺，邂逅专门代姥姥迷惑男人吸取精气的聂小倩，二人经过一番磨难渐生情愫终成眷侣，但姥姥要将聂小倩嫁给黑山老妖，情急之下，宁采臣向燕赤霞求助……

拾儿（元彪饰）自幼被老道士（午马饰）养大，不喜与人谈话，只与画贩崔书生（吴启华）为友。崔恋上女鬼莫愁（王祖贤饰），得知她被石妖追捕，救助於拾儿。石妖捉了崔书生，逼莫愁现身。拾儿责老道士不晓人情，只身对付石妖，终令老道士感动，与石妖决战。