20世纪20年代，时局动荡，天下大乱，华夏大地无有一片宁静之所。时群雄并起，军阀混战。军阀少帅侯杰（刘德华 饰）纵横捭阖，骄横跋扈，视平民如草芥，却难逃自身劫数。正所谓城头变换大王旗，侯杰转眼间辉煌不在，副官曹蛮（谢霆锋 饰）伺机上位、妻子颜夕（范冰冰 饰）离去、女儿身亡，种种打击令这个昔日的乱世修罗万念俱灰。落魄至少林寺期间，侯杰先后结识悟道（成龙 饰）、净能（吴京 饰）、净海（余少群 饰）等净空（释延能 饰）等僧众，并慢慢领悟了宿世的罪障因果，遂放下贪嗔痴慢疑之心，诚心向佛。与此同时，更大的磨难正向少林袭来…… 少林寺住持释永信担任该片监制。

雍正为了消灭所有反对势力，决定毁灭反清复明的重要据点--少林寺。寺庙被大炮摧毁，幸存的106名少林弟子发誓渗透到皇宫而最终杀死暴君

二十年前，通天教主应天生因作恶多端被各大门派掌门围攻至死但元神不散，少林方丈将其收入宝盒放入少林寺塔顶。二十年后，少林弟子无花打扫塔顶被元神复生后下落不明，十年后，无花长大成人重出江湖发誓报三十年前之仇，先后杀死少林方丈与天山二老。江湖一片恐慌，均怀疑是应天生之弟马王庄庄主应天寿所为，吉天祥为调查真相夜闯马王庄，被应天寿之女应彩凤所救，应彩凤对吉天祥一见钟情

以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先在此歇脚。浑然不知倭寇派出主力部队攻打飞鱼隘口，土城中仅存的百姓都是老弱妇孺，棍僧们决定留在土城帮助村民抵抗倭寇。生死存亡之际，十八棍僧共同抵挡了倭寇的进攻。但因师弟的冲动，几位师兄弟被倭寇杀害。倭寇首领得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部队进行偷袭，以便发动最后的决战，誓要攻下飞鱼隘口，杀掉和尚为弟弟报仇。棍僧们为了掩护百姓们撤离，摆出了棍阵，以肉身阻止了倭寇的疯狂进攻，成功让百姓脱离危难。