明朝中叶，兵部尚书于谦遭权阉曹吉祥等诬陷，以“欲迎立外藩罪”处死。长子于冕，次子于广，长女于欣充军龙门。 东厂太监曹少钦为斩草除根，密遣心腹在起解途中将于家兄妹截杀，但为于谦的旧部朱骥所救。曹乃派东厂大档头皮绍棠、二档头毛宗宪冒充刑部差官先期赶赴龙门客栈。事为义士萧少所悉，也赶往龙门客栈，与客栈栈主吴宁共商善策以搭救忠良之后。此时朱骥及其女扮男装的妹妹朱辉也赶到客栈。夜半，皮绍棠等袭击朱辉兄妹，企图嫁祸萧少，在搏斗中，萧发现朱辉竟是姑娘，幸经吴栈主说明情况，乃消除误会。不久，于家兄妹被押解到龙门客栈。双方展开一场搏斗，皮绍棠、毛宗宪不敌败退。次日，武功高强的曹少钦率众赶到。最后，经过一场大战，萧少滋、朱家兄妹、吴栈主合力杀死曹少钦，救出于氏兄妹。本片于1967年获台湾第六届金马奖优等剧情片奖、最佳编剧奖。

宦官专权的明朝末年，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。 洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。

明朝东厂大牢内，掌印太监李公公正监督军师歌舒先生研制神秘药物，服下药物的实验者身体开始发生异样，在失去正常人的理智后但体力大增，会不受控制的对周围人进行疯狂攻击。李公公派出手下高手消灭已经失去理智的服药人，谁知手下高手在接触到服药的实验者之后同样出现疯癫异常的症状。

明朝中叶，宦官专政，民不聊生。 因一份神秘圣旨，东海将领周淮安护孤女曲灵来到龙门岛上的龙门客栈，等待中元节奉旨交人。 龙门客栈中，江湖际会，暗流涌动。东西两厂轮番上阵，掌柜金镶玉百般试探，刺客邱莫言从中搅局，周淮安深感此行目的愈发扑朔迷离。 中元节将至，龙门岛世代血咒惊现仙药之迷，东厂冯督主为谋得仙药杀害曲灵。 周淮安为家族荣耀顺从野心勃勃冯督主还是秉持内心正义奋起反抗? 一场正义与邪恶的生死较量就此展开。

明朝末年，太监魏忠贤权倾朝野，肆意残害忠良，朝中正直之士组成清流与之对抗，却几乎被他的爪牙杀害殆尽。 　　兵部尚书之子周淮安临危受命，赶赴大漠边关与孙承宗将军会合，密谋反魏义举，不料中途遭遇魏忠贤爪牙的毒手被风骚多情的龙门客栈老板娘金镶玉救至龙门客栈，并在店里会合了青梅竹马的儿时好...

TVBS首部自制概念剧《飞越龙门客栈》改编自知名导演徐克的电影《新龙门客栈》，堪称是现代版的《新龙门客栈》。有别于时下的“纯爱的偶像剧”，这部现代版“龙门客栈”在剧情上进行了突破，所述故事发生在一个虚拟的国度，故事由一桩惊动全国的爆炸案开始，牵扯出二十年前的一段风雨往事，一座卧虎藏龙的暗黑之城，交错了四名男女的爱恨情仇。龙门城寨老板娘“金湘玉”由陈怡蓉饰演，柯佳嬿饰身手矫健、外柔内刚的“邱默语”，王阳明则突破自我，首次挑战动作戏，饰演剧中“安全局”里最深沉老练最有前途的年轻队长“周怀安”。...

明朝末年，天下大乱，满洲在北方蠢蠢欲动。此时北京城歌舞升平，陷入最后的狂欢。风雨飘摇之际，锦衣卫、镖头、贼头等黑白两道高手，为争夺“太祖开国秘宝”藏宝图齐聚京城，而关外第一高手叶赫长弓(吴镇宇饰)和来自琉球的忍者明月心(吴佩慈饰)也因不同目的来到此地。众高手在皇宫内各自明争暗斗，抢夺宝图，一路厮杀到一个边城小镇，藏宝图突然神秘失踪。为了寻找宝图，众高手都留在镇上等待机会。这帮家伙各自隐藏身份，叶赫长弓和明月心扮作夫妻开了家客栈，其他几位高手则各自开了几间店铺。所谓虎落平阳被犬欺，一向叱咤风云的高手们遭到镇上地主少爷许三官(房祖名饰)的欺负，每天被催租逼债，而大家为隐瞒江湖身份，忍辱负重，受尽委屈。许三官看上了明月心和长弓收养的干女儿唐薇(谢娜饰)，而镇长古月金(党淏瀚饰)又看上了风韵犹存的明月心，小镇关系变得更加复杂，而此时宝图竟意外再度出现，使乱成一团的小镇陷入重重危机。宝藏究竟会落到谁手里？有情人是否能终成眷属？江湖高手们的命运又将如何？谜底尚待揭晓……

绝世高手卧龙剑仙因厌倦江湖恩仇，在大漠深处创建龙门镇，专门收留金盆洗手的江湖人士，使龙门镇成为武林人士向往的“桃花源”。龙门镇孤悬沙漠，没人知道具体方位，唯有一家龙门镇客栈在外迎客，那便是龙门镇唯一入口。武林小人物魏平安一心想要过上“鱼跃龙门”的辉煌人生，在龙门镇遇到了自己的红颜知己洛小满。在爱的感化下，魏平安在酿成大错之后勇于承担责任，为了江湖正义和黎民苍生，不惜“大义灭亲”对抗自己的生父和兄弟，最后成为真正的武林英雄。